A questão envolvendo a nomeação de um Membro do MP para o cargo de Ministro da Justiça, torna oportuno renovarmos a questão da posição do MP no contexto republicano, bem como a questão da hierarquia nesta Instituição. O Ministério Público, como Instituição, seguiu um longo caminho desde o seu aparecimento até os dias atuais. Nos nossos dias, esta Instituição firmou-se como a defensora e fiscal da aplicação das leis e dos chamados direitos difusos, aqueles que se aplicam a todos nós, sem necessidade de nomeação, como o meio ambiente, a proteção ao consumidor, muito além das funções de antigamente, reduzidas grandemente à promoção das acusações penais.
Nos tempo antigos, adotou-se formalmente a divisão dos Poderes sugerida por Montesquieu e nominou-se os Poderes Públicos como Legislativo, Executivo e Judiciário. Nos estudos desenvolvidos, ficou claro que o Poder Público é uno e indivisível. Logo, o que na verdade existia era a divisão de tarefas dentro do Poder uno, tarefa de fazer as leis, dar a elas a execução e praticar-se a administração pública e julgar os desentendimentos ocorridos na sociedade, funções que haviam sido retiradas dos reis absolutistas e passadas ao povo. Esta divisão tripartite fez o MP ser entendido como parte do Executivo e a Instituição passou a ser tida como um braço deste Poder.
Nova evolução doutrinária deixou claro que a atividade de fiscalização abrangia também o exame das ações do Executivo e um órgão a ele subordinado não teria condições de exercer esta fiscalização com a independência necessária. Com efeito, enquanto entendido como parte do Executivo, este exercia um controle total sobre o MP, decidindo sobre a quantidade e oportunidade da liberação das suas verbas operacionais, valor dos vencimentos dos seus membros, organização das suas tarefas e escolha e nomeação das suas chefias. Nesta forma de dependência a ação fiscalizadora estava totalmente comprometida.
Em 1988, a Constituição Federal tornou clara a separação, que de fato já existia, e deu ao Ministério Público a independência funcional e administrativa que lhe permitiu o exercício das suas funções republicanas. O MP passou a ser titular das mesmas garantias constitucionais já deferidas ao Judiciário e a atividade dos seus Membros foi restringida, proibindo-se o exercício de qualquer atividade administrativa dentro do Executivo, enquanto membros ativos da Instituição, de forma a garantir-se sua independência funcional, obrigando-se, por determinação constitucional, o Executivo a fornecer-lhe determinado percentual das verbas públicas, de molde a garantir-lhe, outrossim, sua atividade operacional.
Na questão que envolve a hierarquia, o MP adotou a mesma forma já atribuída ao Judiciário. Não há atividade de comando entre seus Membros. Cada Membro é um “órgão” que age em obediência às leis, com total independência funcional. A idéia é a de “competência”. Cada órgão tem sua competência atribuída pela lei e a chefia maior tem como função comandar hierarquicamente a parte administrativa e também fiscalizar a ação dos Membros no exercício destas competências, através dos órgãos de controle definidos pela lei. Embora organizado em carreira, dentro da Instituição não há portanto a cadeia de comando ou hierarquia comum à administração pública.